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机动警察第三部剧场版《机动警察:13号废弃物》剧情讲述的是一架隶属于美国的运输机坠落到东京湾,恐怖的经历就此展开。数日后,接连发生的机械人被袭击案件导致数名驾驶员的死亡,刑事久住武史和助手泰真一郎开始调查此案。在调查过程中,心不在焉的一郎认识了岬冴子,对她产生了爱慕。袭击事件仍旧继续发生着,不仅是机械人,连普通人也有数人死于非命,而且在东京湾内,渔民发现了巨大的不明物体。在得知巴比伦基地发生怪异事件后,两位刑事赶到基地,却被一只巨大的怪物追击而险些丧命。